【全国】事業承継・M&A補助金（第16次公募）の枠・補助額・申請の流れ

ひとことで言うと：会社や事業を後継者に引き継ぐとき、また会社を買ったり売ったり（M&A）するときにかかる、設備投資や専門家への依頼費用の一部を国が補助する制度です。いまは第16次公募の申請を受け付けていて、締切は2026年11月6日（金）17:00です。最新の金額・期限は、必ず公式サイト（事業承継・M&A補助金 事務局）で確認してください。

事業承継・M&A補助金は、中小企業庁の「中小企業生産性革命推進事業」の一つです。公式のパンフレットでは、中小企業・小規模事業者等が事業承継やM&Aに際して行う設備投資等や、経営資源（人・設備・技術・取引先などの会社の財産）の引継ぎ、引継ぎ後の経営統合にかかる経費の一部を補助することで、事業承継・事業再編・事業統合を促進する補助金だと説明されています。この記事では、2026年10月2日に受付が始まった第16次公募の公式資料をもとに、4つの枠の違い、補助額、申請の流れをやさしくまとめます。

4つの枠のちがい（第16次公募）

この補助金は、目的別に4つの枠に分かれています。自分の状況に合う枠を選ぶのが最初の一歩です。

• 事業承継促進枠：親族内承継や従業員承継を機に、会社や事業を引き継ぐ予定の中小企業者・個人事業主が、生産性を高めるための設備投資などを行う費用を補助します。
• 専門家活用枠：M&Aで会社や事業を買う側（買い手）・売る側（売り手）が、仲介業者やFA（ファイナンシャルアドバイザー、M&Aの助言役）などの専門家に支払う費用の一部を補助します。
• PMI推進枠：M&Aのあとの経営統合（PMI）に取り組む費用を補助します。専門家を活用する「PMI専門家活用類型」と、設備投資などを行う「事業統合投資類型」の2つの類型があります。
• 廃業・再チャレンジ枠：M&Aで事業を譲れなかった場合などに、既存事業を廃業するときの費用の一部を補助します。単独で申請する「再チャレンジ申請」と、ほかの枠と一緒に申請する「併用申請」があります。

補助額・補助率の一覧

公募要領の「補助上限額、補助率等」をもとにした一覧です。補助下限額は、補助対象経費に補助率をかけた金額がその額を下回ると申請できない、という最低ラインです。

表のあとに、見落としやすい点を補足します。

• 事業承継促進枠と事業統合投資類型の補助率は、中小企業基本法上の「小規模事業者等」に当たる場合は2/3以内、それ以外は1/2以内です。小規模事業者等とは、製造業その他は従業員20人以下、商業・サービス業は従業員5人以下（宿泊業・娯楽業は20人以下）の会社・個人事業主を指します。
• 補助上限額が800万円から1,000万円に上がる賃上げ要件とは、補助事業が終わった年度の翌年度の「従業員1人当たりの給与支給総額」が、基準年度に比べて3％以上上がることです。800万円を超え1,000万円以下の部分の補助率は1/2以内です。達成できなかった場合は、引き上げ分（最大で200万円）の返還を求められます。
• 専門家活用枠の売り手支援類型は、営業利益率が下がっている場合や、直近決算期の営業利益または経常利益が赤字の場合に、補助率が2/3以内になります。
• 専門家活用枠で、M&Aが補助事業期間内にまとまらなかった（クロージングに至らなかった）場合は、補助上限額が300万円に変更され、原則としてデュー・ディリジェンス（買い手が売り手の財務や法務のリスクを調べる調査）の費用だけが補助対象になります。
• 廃業費は、廃業・再チャレンジ枠と併用で申請した場合に限り、各枠の上限額に上乗せして補助されます。事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠では、上乗せの上限は300万円です。
• 専門家活用枠には、買い手支援類型の「100億企業特例」（補助上限額2,000万円）や、売り手支援類型の「小規模売り手支援類型」（補助上限額450万円）という特例もあります。それぞれ別の公募要領があり、追加の要件があるため、該当しそうな方は公式サイトで確認してください。

補助金は、事業が終わったあとに精算してから支払われる「後払い」です。先に自分で費用を立て替える必要があります。

事業承継促進枠のポイント

設備投資などに使える枠なので、問い合わせの多い事業承継促進枠をもう少し詳しく見てみます。

• 公募申請の期限（2026年11月6日）から5年間を「事業承継対象期間」とし、その間に事業承継を完了させる必要があります。完了できなかった場合は、受け取った補助金の返還が必要です。
• 承継のかたちは、法人なら同一法人内での代表者交代、個人事業主なら事業譲渡です。経営権と所有権（株式など）の両方が移ることが条件で、代表者が交代するだけの承継などは対象外です。
• 承継予定者には、会社の役員や従業員として3年以上の経験があることなどの要件があります。詳しくは公募要領で確認してください。
• 申請の前に、認定経営革新等支援機関（国が認定した中小企業支援の専門機関）などから、事業承継計画の確認書を発行してもらう必要があります。
• 補助事業は、5年間の事業計画のなかで、付加価値額（または1人当たりの付加価値額）が年3％以上伸びる計画であることが求められます。付加価値額は、法人の場合「営業利益＋人件費＋減価償却費」で計算します。
• 承継のために被承継者へ支払う譲り受け費用（土地や資産の購入費など）は、原則として補助の対象外です。

補助の対象になる経費

事業承継促進枠の場合、補助対象経費の区分は、設備費、産業財産権等関連経費（特許取得にかかる弁理士費用）、謝金、旅費、外注費、委託費です。廃業費は、廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費に分かれます。専門家活用枠では、仲介・FA費用やデュー・ディリジェンス費用などの委託費が中心になります。

どの枠でも共通の大切なルールがあります。

• 契約・発注は、交付決定日以降で、かつ補助事業期間のなかで行い、支払いまで終えた経費だけが対象です。交付決定の前に頼んだ分は補助されません。
• 補助事業期間は、2027年1月（下旬予定）から14か月以内を想定しています。
• 金額や支払いを証拠書類で確認できる経費に限られます。
• 専門家活用枠で仲介業者やFAへの委託費を補助してもらうには、中小企業庁の「M&A支援機関登録制度」に登録した専門家を使うことが条件です。専門家との委託契約は、交付決定日以降に結ぶ必要があります。

申請の流れとスケジュール

公式のスケジュールは公募要領公開時点の予定で、変更になる可能性があります。

1. 公募要領や公式サイトを読み、制度を理解する
2. GビズIDプライムのアカウントを取得する（まだの場合。発行に1週間程度、混雑時は3週間程度かかることがあります）
3. 申請に必要な書類を準備する（事業承継促進枠や廃業・再チャレンジ枠では、認定経営革新等支援機関の確認書も必要です）
4. Jグランツの申請フォームに入力し、書類を添付して提出する
5. 提出完了画面を確認し、事務局から差戻しや再提出の依頼が来たらすぐに対応する
6. 採択されたら交付申請を行い、交付決定を受けてから補助事業を始める

入力は、必ず申請者自身が内容を理解したうえで行う必要があります。行政書士（または行政書士法人）でない人が、有償で申請書類の作成を代行すると、行政書士法違反になる可能性があると公募要領に書かれています。交付決定後にそれが分かると、交付決定が取り消されることもあります。

こんな人におすすめ

• 親族や従業員に会社を引き継ぐ予定があり、引継ぎ後の設備投資を考えている経営者・後継者の方（事業承継促進枠）
• 後継者がいなくて、M&Aで会社や事業を譲りたい方（専門家活用枠の売り手支援類型）
• 成長のために、M&Aで他社の事業を買い取りたい方（専門家活用枠の買い手支援類型）
• M&Aのあとの経営統合や設備の統合を進めたい方（PMI推進枠）
• M&Aで事業を譲れず、廃業して新しいことに挑戦したい方（廃業・再チャレンジ枠）

迷ったらここを確認

• どの枠で申請するか：誰が、何のために使うのかで決まります。まず公式サイトの各枠の「公募要領等ダウンロード」ページと、各枠のパンフレットを見てください。
• 会社が小規模事業者等に当たるか：従業員数で決まり、補助率が変わります。公募要領の定義を確認してください。
• 賃上げ要件を満たせるか：満たせないと、引き上げ分の返還を求められることがあります。
• 専門家が登録専門家か：専門家活用枠では、M&A支援機関登録制度に登録した専門家への支払いだけが補助対象です。
• 日程や金額：公募回ごとに変わることがあります。必ず最新の公募要領と公式サイトで確認してください。
• 問い合わせ：事務局のお問い合わせ窓口の受付時間は、土・日・祝日を除く9：30〜12：00、13：00〜17：00です。電話番号は公式サイトに掲載されています。

公式サイト・出典

中小企業庁・事業承継・M&A補助金事務局「事業承継・M&A補助金 公式サイト」

「事業承継・M&A補助金（16次公募）公募要領 事業承継促進枠」ほか、専門家活用枠・PMI推進枠・廃業・再チャレンジ枠の各公募要領と、16次公募の総合パンフレット

最終確認日：2026-10-09
※本記事は上記確認日時点の公開情報を基に作成しています。公募回ごとに要件や日程が変わる場合があり、制度内容は予告なく変更される場合があります。申請前に必ず最新の公募要領と公式サイトをご確認ください。